Aktuell beschäftigt sie sich vor allem mit Instrumenten zur Quartiersentwicklung, zum Beispiel in den Projekten Urban Area Parameters und Smart City Mikroquartiere. Ziel sind klimaverträgliche Siedlungen mit hoher Lebensqualität für die NutzerInnen.
Maria Fellner ist Mitglied des Leitungsgremiums klimaaktiv Bauen und Sanieren, einer Initiative des Lebensministeriums zum Klimaschutz. Sie erarbeitet in diesem Rahmen vor allem Kriterienkataloge für den Nichtwohnbau. Nach Bewertungssets für Büros, Schulen, Geriatriezentren, Lebensmittelsupermärkten und Logistikgebäuden stehen zur Zeit Pilotzertifizierungen für Hallenbäder und Fertigungsstätten an. Sieben Jahre lang leitete sie das EU Green Building Programm in Österreich und ist akkreditierte Auditorin für die internationalen Systeme BREEAM, DGNB, SNBS und Passivhauszertifizierung.